آموزش ساخت ورودی برای نرم افزار محاسباتی گوسین (Gaussian)
نرم افزارهای محاسبات علمی به رغم اینکه بسیار پیچیده و متشکل از هزاران خط کد هستند، ظاهر بسیار ساده ای دارند. برخلاف بسیاری از نرم…
نرم افزارهای محاسبات علمی به رغم اینکه بسیار پیچیده و متشکل از هزاران خط کد هستند، ظاهر بسیار ساده ای دارند. برخلاف بسیاری از نرم…
نرمافزار گوسین یک برنامهٔ کامپوتری است که اولین نسخهٔ آن در سال ۱۹۷۰ توسط جان پاپل و گروه تحقیقاتی وی در دانشگاه کارنگی ملون با…
# hf 6-311G(d,p) OPT
# HF,OPT,6-311G(d,P)
# opt 6-311g(d,p)/hf
در پایان توجه کنید که خط دستور باید به یک خط خالی ختم شود. قسمت بعدی در فایل ورودی، عنوان (title) کار است. عنوان یک کار معمولاً شامل توصیفی مختصر از کار است. عبارات نوشته شده در این قسمت توسط نرم افزار تفسیر نمی شود و می تواند شامل هر عبارت دلخواهی باشد با این حال عنوان نباید شامل کارکترهای @ # ! - _ \ و کارکترهای کنترل (به خصوص Ctrl + G) باشد. توجه کنید که عنوان باید به یک خط خالی ختم شود. آخرین قسمت در ورودی بالا شامل مشخصات مولکول مورد نظر است. در این قسمت ابتدا به ترتیب بار و چندگانگی (multiplicity) مولکول مورد نظر و سپس مختصات آن نوشته شده است. براین اساس مشخص است که مولکول مثال ما خنثی و یکتایی (singlet) است. همچنین با نگاه کردن به مختصات مولکول می توان دریافت که محاسبه بر روی یک مولکول آب انجام خواهد شد. در مثال ما ساختار مولکول آب با استفاده از سیستم مختصات کارتزین (دکارتی) نوشته شده است. مزیت استفاده از سیستم از کارتزین عمومی بودن آن است. به این معنی که این سیستم ساختار یکسانی در تمام نرم افزارهای محاسباتی و رسم ساختار مولکولی دارد. با این حال مختصات دکارتی تنها سیستم مختصات مورد قبول نرم افزار Gaussian نیست. هر چند ساختار یک مولکول را می توان به صورت دستی در فایل ورودی نوشت ولی این کار بجز برای ساختارهای بسیار کوچک بسیار طاقت فرسا است و معمولاً برای تهیه مختصات مولکول از یک نرم افزار سه بعدی رسم ساختار مولکول مانند Gaussview استفاده می شود. در پایان ذکر چند نکته درباره فایل ورودی Gaussian ضروری است. - با استفاده از علامت ! می توان در هر قسمت از فایل ورودی توضیح (comment) نوشت. - برای وارد کردن محتویات یک فایل در فایل ورودی می توان از علامت @ به شکل @filename استفاده کرد. با این کار نرم افزار Gaussian محتویات فایل خارجی را قرائت و به جای این عبارت قرار خواهد داد. - برخی از کلید واژه های Gaussian دارای آپشن های خاصی هستند که این آپشن ها را می توان به یکی از شکل های زیر وارد کرد.Keyword=option
Keyword(option)
Keyword=(option1, option2, …)
Keyword(option1, option2, …)
به عنوان مثال برای تعیین حداکثر تعداد سیکل های بهینه سازی، کلید واژه opt را می توان همراه با آپشن maxcycle به صورت: opt(maxcycle=n)l به کار برد که n برابر با تعداد حداکثر سیکل های مورد نظر است. - کلید واژه ها و آپشن های Gaussian می توانند به کوتاه ترین شکل بی مانندشان خلاصه شوند. به عنوان مثال آپشن conventional ( مربوط به کلید واژه SCF) می تواند به صورت conven نوشته شود. ولی این آپشن را نمی توان به صورت conv خلاصه کرد زیرا این عبارت حروف اول آپشن convergence نیز است. - تمامی پارامترهای ورودی Gaussian دارای مقادیر پیش فرضی هستند که در صورت مشخص نشدن آنها در فایل ورودی از مقادیر پیش فرض استفاده می شود. به عنوان مثال در صورت مشخص نشدن نوع محاسبه در فایل ورودی، یک محاسبه انرژی (SP) انجام خواهد شد. [star_list] [/star_list] منبع: نیکو پردازشمشکلی در گزارش این پست وجود دارد.
لطفاً تأیید کنید که می خواهید این عضو را بلاک کنید.
دیگر نمی توانید:
لطفا توجه داشته باشید: این عمل همچنین باعث حذف این عضو از دوستان شما و ارسال گزارش به مدیر سایت می شود. لطفاً برای تکمیل این فرآیند چند دقیقه صبر کنید.
Bitcoin: 12xqhSDEbwimy2yWKUo7MLVjAv1xwvcw4W
Tether: 0x144084aEe71F10C8d6fB5891BFD29c93570F4149