نرم افزار شبیه سازی مولکولی و شیمیایی Schrödinger Suite

به‌روزرسانی: ۱۳۹۸/۱۱/۲۶

مطالعه: حدود ۷ دقیقه

نرم افزار شبیه سازی مولکولی و شیمیایی Schrödinger Suite

بدون شک کامل‌ترین و پیشرفته‌ترین نرم افزار شبیه سازی برای مهندسی شیمی و علم مواد Schrödinger Suite است.

این نرم افزار دقیق‌ترین شبیه سازی‌های مولکولی را می‌تواند پیاده سازی کند و کاربرد بسیار وسیعی در علوم مختلف از جمله پزشکی، دارو سازی، مواد و شیمی دارد.

کمتر مهندسی وجود دارد که از نرم افزار شرودینگر استفاده نکرده باشد. نام این نرم افزار برگرفته از اروین شرودینگر، فیزیک‌دان اتریشی است که جدیدترین و کامل‌ترین نظریه اتمی فعلی متعلق به اوست.

نظریه مکانیک کوانتوم نیز حاصل از تلاش‌های بی‌وقفه‌ی اوست و به همین دلیل بنیاد علمی شرودینگر، نام قوی‌ترین نرم افزار شبیه سازی اتمی را هم نام این دانشمند بزرگ قرار داد.

نرم افزار Schrödinger Suite

نرم افزار Schrödinger Suite به طور کلی از ۵ بخش Small-Molecule Drug Discovery Suite و Materials Science Suite و Discovery Informatics Suite و PyMOL و Biologics Suite تشکیل شده است که هر کدام از این‌ها شامل تعداد زیادی برنامه مستقل از هم می‌باشند؛ مجموعه Schrödinger Suite شامل تمامی نرم افزارهای این ۵ بخش می‌شود و به طور خلاصه، تمامی نرم افزارهای تولید شده این شرکت را دارا می‌باشد و برای همه علوم کاربرد دارد.

با کمک این نرم افزار، مهندسین شیمی می‌توانند ساختارهای جدید و نوین پلیمری و شیمیایی را مورد بررسی قرار داده و شبیه سازی کنند، واکنش‌های مختلف را بررسی کرده و در ابعاد اتمی همه چیز را تحت نظر داشته باشند.

مهندسین مواد با کمک این نرم افزار می‌توانند به مطالعه و بررسی ساختارهای کریستالی مواد پرداخته و خواص مختلف نظیر مکانیکی، حرارتی، نوری، شیمیایی و غیره را استخراج نمایند و هم‌چنین بتوانند آلیاژهای نوین را شبیه سازی کرده و کاربرد آن‌ها را در محیط‌های پیچیده نظیر دما بالا، خورنده و غیره مورد مطالعه قرار دهند.

دکترهای داروساز با این نرم افزار می‌توانند داروهای جدید را شبیه سازی و اثرات آن‌ها را بررسی کنند، ساختار مولکولی و DNA را بررسی کرده و به ساخت داروهای جدید بپردازند.

بسته KNIME Workflows مجموعه افزونه‌های (Extensions) اضافه بر سازمان بوده که بر روی نرم افزار Schrödinger Suite نصب می‌شوند و وظیفه اتوماسیون و آنالیز داده را بر عهده دارند.

با این افزونه‌ها می‌توانید برنامه‌ریزی کنید تا نرم افزار به طور خودکار شروع به آنالیزهای مختلف کند و نتیجه به دست آمده را، دسته‌بندی کرده و به شما ارائه دهد.

خودکار سازی محاسبات مولکولی، کریستالی و ساختاری و آنالیز مواد از جمله قابلیت‌های این افزونه هاست.

قابلیت‌های نرم افزار Schrödinger Suite:

کامل‌ترین و پیشرفته‌ترین نرم افزار شبیه سازی مواد در مقیاس اتمی و مولکولی
انجام پیچیده‌ترین شبیه سازی‌های مواد دارویی، کریستالی، پلیمری و شیمیایی
شبیه سازی واکنش پذیری مواد جدید و نوین
شبیه سازی کاربرد مواد در محیط‌های حساس نظیر دما بالا
شبیه سازی خواص مختلف مواد نظیر خواص مکانیکی
بررسی نظریه اتمی و مکانیک کوانتوم و انجام محاسبات فیزیکی
کاربرد وسیع در علوم داروسازی و شبیه سازی داروهای نوین
قابلیت خودکار سازی آنالیز داده‌ها و انجام محاسبات

Schrödinger Suite is a scientific leader in computational chemistry, providing software solutions and services for life sciences and materials research.

Schrödinger aims to provide integrated software solutions and services that truly meet its customers’ needs. We want to empower researchers around the world to achieve their goals of improving human health and quality of life through advanced computational techniques that transform the way chemists design compounds and materials.

By building and deploying breakthrough scientific software solutions and forming collaborations and partnerships, we help scientists accelerate their research and development activities, reduce costs, and make novel discoveries that might otherwise not be possible.

The company's full product offerings range from general molecular modeling programs to a comprehensive suite of drug design software, as well as a state-of-the-art suite for materials research. Click on a Suite below to learn more.

Small-Molecule Drug Discovery Suite

From QSAR to virtual screening to binding affinity predictions, the comprehensive Small Molecule Drug Discovery Suite contains all the tools necessary for fragment-, ligand-, and structure-based drug design for lead discovery and optimization.

Biologics Suits
This new, easy-to-use suite is designed from the ground up to be the first complete collection of all the tools that are important in modeling biologics, antibodies, and proteins.

Materials Science Suite

This innovative new suite provides versatile and powerful tools for the quantum mechanics-based simulation of chemical systems, enabling the analysis and optimization of systems with applications in specialty chemicals and materials science.

Discovery Informatics Suite

A next-generation platform for collaborative drug design allows multi-disciplinary teams, including medicinal chemists, biologists modelers, and IT professionals, to share, view, and manage data in real time.

PyMOL

PyMOL is a user-sponsored molecular visualization system on an open-source foundation. Please support development of this open, effective, and affordable software by purchasing a subscription to maintenance and/or support. Thank you. For product details, please visit www.pymol.org.

سیستم مورد نیاز

The minimum hardware requirements are:

- x86_64 compatible processor
- ۴ GB memory per core
- ۱۰ GB disk space for software installation; 400-500 GB if databases (PDB, BLAST, etc) are also installed
- Network card with a configured network interface
- ۱۶-bit color (for Maestro)

It is strongly recommended that you also have the following hardware:

- ۶۰ GB minimum scratch disk space for running jobs
- Graphics card that supports hardware-accelerated OpenGL with 1GB onboard memory and an up-to-date vendor-supplied graphics driver.
- Monitor with a refresh rate of 60 Hz or more and 1280x1024 resolution.

For hardware stereo viewing, one of the following is required (see Article 1745 for details):
- A graphics card that supports quad-buffered OpenGL stereo, with appropriate glasses, and a monitor with a refresh rate of 120 Hz or more.
- A monitor that supports interlaced stereo.

For GPGPU computing with Desmond, you must have an NVIDIA Tesla graphics card on a Linux machine.

راهنمای نصب

۱- برای راحتی دانلود نرم افزار، فایل نرم افزار به هفت بخش تقسیم شده است. ابتدا هر هفت بخش را دانلود کنید.
۲- هفت فایل دانلود شده را بدون تغییر نام فایل ها در یک پوشه قرار دهید، سپس روی اولین فایل کلیک راست کرده و گزینه استخراج توسط نرم افزار winrar را انتخاب کنید. از شما پسورد پرسیده می شود که در ادامه پسورد ذکر شده است. (نیاز به استخراج تک تک فایل ها نیست، نرم افزار winrar به ترتیب تمام بخش ها را استخراج و در یک فایل واحد قرار می دهد.)
۳- با اجرای فایل Setup.exe مراحل نصب را آغاز کنید.
۴- فایل Patch.exe را از پوشه Patch در محل نصب نرم افزار کپی کنید.
۵- فایل Patch.exe را به صورت Run as Administrator اجرا کرده و بر روی Patch کلیک کنید.
۶- نرم افزار بدون هیچ محدودیت زمانی و ساختاری قابل استفاده است.

توجه: افزونه‌های KNIME Workflows به صورت جداگانه برای دانلود قرار گرفته اند. این افزونه ها برای اجرا نیازی به کرک یا فعال سازی ندارند. تنها کافیست فایل zip قرار داده شده را از حالت فشرده خارج کنید تا به افزونه ها دسترسی داشته باشید.

چند نکته!

۱- نسخه قرار داده شده، کامل‌ترین نسخه موجود بسته Schrodinger و شامل تمامی نرم افزارهای شرکت Schrondiger می‌شود و هیچگونه کم و کاستی ندارد.
۲- فرآیند نصب نرم افزار کمی طولانی است و فضای زیادی لازم دارد.
۳- برای حذف این مجموعه نرم افزاری بایستی دوباره فایل Setup.exe را اجرا نموده و اینبار گزینه Remove را انتخاب کنید.

شرکت سازنده: Schrödinger, LLC